纽约基因组中心(NYGC)技术创新实验室(@NYGCtech)的科学家开发了一种名为ECCITE-seq的新技术，使研究人员能够对单细胞的多种模式信息进行高通量测量。
这项名为ECCITE-seq的技术今天发表在《自然方法》(Nature Methods)杂志上，它代表了通过测序对转录组和表位进行扩增的crispr兼容细胞索引。ECCITE-seq可以同时分析来自数千个单细胞的不同类型的生物分子，提供广泛的信息，可用于基于crispr的汇集遗传学筛选的读出。
NYGC的科学总监兼首席执行官Tom Maniatis博士说:“ECCITE-seq是下一代工具，它增强了我们更彻底地研究单细胞和更好地了解疾病机制的能力。
2017年，技术创新实验室发布了一个相关工具CITE-seq，可以在单细胞中检测蛋白质和转录组。他们在2018年发表的一种名为cell哈希的方法中，使用相同的概念对单个样本进行条形码，从而允许单细胞RNA测序实验的多路复用。
NYGC技术创新实验室经理、新研究的通讯作者Peter Smibert博士说:“对于ECCITE-seq，我们调整了之前在蛋白质检测和样品复用方面的工作，并将它们与直接检测用于CRISPR筛选的单导rna的能力相结合。”他继续说道:“ECCITE-seq中的单独测量是模块化的，因此研究人员可以选择他们需要为他们提出的问题进行的测量。”
NYGC技术创新实验室高级研究科学家、该研究的第一作者Eleni Mimitou博士说:“也许这种方法最重要的应用在于CRISPR筛选。”她继续说道:“将直接捕获向导与多模态读数相结合，有望使这些单细胞筛选更加强大和有效，并揭示仅在RNA水平上无法检测到的细胞表型。”在一项原理验证分析中，Mimitou博士和他的同事展示了高效的向导捕获，以及靶转录物上的向导特异性反应，并显着降低了蛋白质水平。ECCITE-seq与现有的CRISPR引导文库兼容，可广泛应用于单细胞水平的扰动检测。
ECCITE-seq建立在10x Genomics的单细胞免疫分析解决方案的基础上，该解决方案使研究人员能够重建个体免疫细胞的克隆型。研究人员将蛋白质检测与转录组和克隆型相结合，以表征皮肤T细胞淋巴瘤患者样本中的恶性群体。结合模式能够精细解剖特定的细胞亚型，并有助于揭示恶性细胞的转录组特征。
“虽然我们已经证明了这种方法在癌症中的实用性，但它是一个可以应用于一系列生物系统和疾病研究的平台。随着未来的发展，包括新模式的增加，我们看到ECCITE-seq和未来的方法将在其基础上扩展，作为更好地审问单个细胞的基本工具，”Smibert博士解释说。
为了更好地服务于单细胞RNA-seq社区，该小组通过CITE-seq.com公开分享协议和建议，这是一个平台，导致许多其他小组在发表之前使用ECCITE-seq。
技术创新实验室是NYGC内一个专门的孵化器，由一个多学科团队组成，其中包括工作人员、科学家和教师，以及许多研究合作者，可以探索和测试突破性的基因组工具和想法。该研究的共同作者包括技术创新实验室的其他成员，纽约大学纽约大学核心教员实验室成员Rahul Satija博士和Neville Sanjana博士，他们在纽约大学联合任命，纽约大学Koralov实验室和杰克逊实验室欧阳实验室的成员。
